As principais metas do Zoneamento Ecológico Econômico dos Eixos Nacionais de Integração e Desenvolvimento do PPA definidas pela Secretaria de Políticas para o Desenvolvimento Sustentável são:

1. Obter a curto prazo um Sistema de Planejamento e Gerenciamento Ambiental Estratégico, voltado ao atendimento da responsabilidade executiva da Secretaria de Políticas para o Desenvolvimento Sustentável para com as aplicações do Zoneamento Ecológico-Econômico dos Eixos do PPA.

2. Considerando que os Eixos não são a única, nem a exclusiva, forma de planejamento e atuação da política ambiental, o sistema proposto também deveria atender as demandas e preocupações das secretarias e órgãos responsáveis pelas políticas do Ministério do Meio Ambiente, relativas ao tema zoneamento ecológico-econômico.

3. Tendo em vista as considerações anteriores, o sistema proposto deveria apresentar um sub-sistema de gestão das informações ambientais estratégicas para uso do Ministério do Meio Ambiente e parceiros em seus diversos recortes temáticos, geográficos e políticos.

4. O sistema proposto deverá disponibilizar, progressivamente, para usuários e sociedade em geral, informações ambientais vinculadas ao ZEE, de forma gratuita e transparente, sobre seus temas de interesse e atuação dentro de uma política de acesso aos dados do MMA.

5. Criar uma interface operacional e uma agenda positiva junto aos responsáveis e ministérios envolvidos no planejamento e implantação das metas e ações previstas no PPA, visando a preservação ambiental, a manutenção da biodiversidade, o cumprimento dos protocolos, acordos, compromissos e agendas ambientais de âmbito nacional e internacional.

6. Os produtos do Zoneamento Ecológico-Econômico Federal deverão favorecer um relacionamento mais propositivo e indicativo da área ambiental junto ao conjunto da administração federal e estadual, favorecendo as sinergias interdisciplinares e interinstitucionais visando o desenvolvimento sustentável.

7. A concepção e a realização desse Zoneamento Ecológico-Econômico Federal deverá valorizar, de forma sinérgica, os aspectos positivos obtidos pelo país no campo do zoneamento territorial dentre os quais destacam-se as experiências de zoneamento ecológico, climático, econômico, agrícola, agroecológico, ecológico-econômico, territorial etc.