Dentre os principais objetivos do ZEE, inicialmente propostos pela Secretaria de Políticas Públicas para o Desenvolvimento Sustentável do MMA, destacam-se de forma geral:

• O estabelecimento a curto prazo no MMA de uma ferramenta operacional de Gestão Ambiental Estratégica;

• A ampliação da eficiência das ações e programas da SDS e de todas as secretarias e órgãos do MMA;

• A criação de um mecanismo permanente para apoiar as políticas públicas do Governo Federal na área ambiental, através de um acesso compartilhado e cooperativo às informações ecológicas e econômicas relevantes.

• A criação de mecanismos novos de gestão e participação que contribuirão e potencializarão a melhoria da qualidade das relações entre os usuários potenciais do zoneamento, os produtos propostos e os usos a que se destinam.

De forma mais específica, o Zoneamento Ecológico-Econômico deveria:

• Contribuir para a operacionalização do conceito e princípios do desenvolvimento sustentável em todas as esferas e programas de ação governamentais;

• Ajudar na implementação da gestão compartilhada do uso sustentável dos recursos naturais e no conhecimento, conservação e utilização sustentável da biodiversidade;

• Definir e indicar, no âmbito de suas unidades espaciais, a natureza e intensidade dos programas necessários de reflorestamento e de recuperação de áreas degradadas, de uso sustentável das florestas e outros ecossistemas naturais, de adequação do uso das terras aos limites e potenciais das unidades territoriais etc;

• Contribuir para a redução das disparidades regionais e dos problemas sócio-econômicos decorrentes em termos de uso e ocupação das terras;

• Contribuir para que a implementação do PPA e de seus investimentos se traduza por uma redução, e não um agravamento, dos processos ambientais críticos no espaço geoeconômico de cada eixo nacional de integração e desenvolvimento